Uno de los principales puntos de preocupación es la contaminación de las fuentes hídricas. El académico señaló que los productores no pueden asumir solos los efectos de problemas ambientales que se originan en otras actividades, por lo que propuso una coordinación obligatoria entre las autoridades de los sectores agrícola, ambiental, hídrico y minero.

Entre sus propuestas está incluir en la ley conceptos como acuicultura amazónica, inocuidad acuícola y zonas de protección hídrica. También planteó una clasificación territorial que permita aplicar medidas distintas para la Costa, Sierra, Amazonía y Galápagos, de acuerdo con las características de cada región.

Maldonado además propuso crear un sistema permanente de monitoreo de la calidad del agua y de metales pesados, como mercurio, cobre y cadmio. Los resultados, según su planteamiento, deberían ser públicos y permitir activar alertas sanitarias cuando exista algún riesgo para la producción o el consumo.