Uno de los principales cambios plantea reemplazar el modelo de gobernanza vigente por un Directorio, que continuará presidido por el ente rector agrario. También se propone crear mesas asesoras regionales como instancias consultivas permanentes, integradas por representantes de universidades y otras instituciones de educación superior, centros de investigación, organizaciones de productores —incluida la agricultura familiar campesina—, pueblos y nacionalidades y gobiernos autónomos descentralizados.

Aunque las recomendaciones de estas mesas no tendrán carácter vinculante, constituirán un insumo formal para la definición de las agendas de investigación del INIAP.

En materia de autonomía técnico-científica, la reforma establece expresamente que el Instituto ejercerá sus actividades con independencia técnica y científica. Esto busca garantizar que sus procesos de investigación, innovación y transferencia se desarrollen con objetividad, rigor científico y sin injerencias ajenas al interés público.